根据《政府采购法》《行政诉讼法》《基础设施和公用事业特许经营管理办法》等法律法规的规定，PPP项目运行过程中发生争议的，解决途径有四：（1）双方协商解决；（2）共同聘请专家或第三方调解解决；（3）民事诉讼；（4）行政复议或行政诉讼。至于通过仲裁解决，立法上虽未明确规定，实践中却在一定范围存在，而且随着PPP项目的不断发展，仲裁作为一种纠纷解决方式有越来越受到重视的趋势。但总而言之，正是由于上述多种纠纷解决机制的存在，同时并未构建起一套有效化解PPP纠纷的体系，反而引发诸多矛盾，导致PPP纠纷解决机制陷入困境。
首先，国家所鼓励的协调、调解等非诉讼纠纷解决机制功能难以发挥。PPP纠纷往往涉及重大的利益关系和复杂的技术问题，协商解决通常因双方巨大的利益冲突而失败。共同聘请专家或第三方机构进行调解，因目前缺乏成熟的机制和良好的社会环境，同样难以付诸实施。
其次，民事诉讼和行政诉讼的矛盾引发司法救济的混乱。按照司法最终原则，法院应当是PPP纠纷解决的最终途径。但是，PPP法律关系中由于一方是政府，且项目本身较多涉及公共利益，因而可能伴随行政权力的行使。因此所引发的PPP纠纷到底应当适用民事诉讼还是行政诉讼，无论是理论上还是司法实践中，均存在不同认识和做法，加之在诉讼司法实践中由于多种原因还没有通过成功判例树立起应有的公信力，此种矛盾将进一步影响PPP纠纷司法救济的权威性。
最后，在争议解决实践中，仲裁的积极作用远没有得到充分的发挥和利用，甚至仲裁是否可以作为PPP纠纷解决途径还尚存争议。此种争议的本质是对PPP协议到底属于民事合同还是行政合同的分歧。《仲裁法》第二条规定：“平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。”第三条规定：“依法应当由行政机关处理的行政争议不能仲裁”。如果认为PPP协议属于行政合同，适用仲裁无疑存在较大障碍。2014年修改的《行政诉讼法》规定政府特许经营协议纠纷适用行政诉讼，则进一步为运用仲裁解决PPP纠纷制造了立法上的障碍。来源于中国水网分享
